جراحی عموما تا زمان تشدید علائم یا تغییرات دیسپلازی به سمت بروز سرطان، به تعویق می افتد. اما در برخی از بیماران ممکن است به علت خطرات مربوطه، لازم باشد عمل جراحی اورژانسی انجام شود. افرادی که موارد زیر را تجربه می کنند، به این شکل از عمل نیاز دارند:

• مگاکلون سمی یا بزرگ شدن نامتوازن و شدید روده بزرگ
• سوراخ شدن روده
• خونریزی غیر قابل کنترل

توجه داشته باشید که در جراحی اورژانسی برای درمان کولیت اولسراتیو ،احتمال این که بیمار نیاز به کیسه مدفوع یا کولستومی پیدا کند، بالا می رود. در حذف کامل روده، تمامی روده بزرگ برداشته می شود. این تنها علاج واقعی و قطعی کولیت اولسراتیو است اما کیفیت زندگی را کاهش می دهد. در جراحی برداشتن بخشی از روده، پزشک نواحی آسیب دیده روده را با کمی از بافت های سالم دو طرف، برش میزند و برمی دارد. در صورت امکان، دو انتهای باقیمانده آن با عمل جراحی به هم پیوند می خورد و عملکرد دستگاه گوارش دوباره برقرار می شود. به دلیل عوارض زیاد، این روش درمان کولیت اولسراتیو در انتخاب های آخر قرار دارد.